Se le acusa de repatriar a España dinero negro que habría obtenido en comisiones ilegales a cambio de adjudicaciones irregulares de contratos públicos durante su etapa de presidente de la Comunitat Valenciana entre 1995 y 2002.
Zaplana ha sido detenido después de que ya fuera investigado en la operación Lezo, el caso de corrupción que afecta al Canal de Isabel II y por el que está imputado el expresidente de la Comunidad de Madrid, Ignacio González. Aunque todo apunta a que su detención no tiene que ver con la operación Lezo.
La detención ha sido realizada por agentes de la Unidad Central Operativa (UCO) de la Guardia Civil en su domicilio. La operación continúa abierta y en la que se prevén más detenciones y ya han sido detenidas cinco personas más junto a Zaplana.
En la actualidad, Eduardo Zaplana es Adjunto al Secretario General de Telefónica y en 2008 fundó la empresa de asesoramiento Decuria Consulting. En diversas ocasiones ha declarado que la justicia nunca le ha investigado: «No presumo, pero lo cierto es que jamás tuve un problema judicial», llegó a decir en una entrevista al periódico ABC.
Tras las publicaciones sobre sus conversaciones con el expresidente madrileño Ignacio González, en noviembre de 2017 los medios se hicieron eco de un comunicado en que Zaplana defendía su derecho al honor y su intimidad.