La Sociedade Galega de Historia Natural ya advirtió en 2016 que, entre otras actividades como carreras y conciertos, la masificación de la ruta en jornadas multitudinarias de centenares de personas celebradas cada temporada estaba poniendo en riesgo la conservación de algunos de los puntos más valiosos de la Red Natura 2000 en territorio gallego.

Aunque el objetivo de la iniciativa para la Asociación Camiño dos Faros como entidad organizadora era dejar «una ruta para el futuro y 100% sostenible» en la Costa da Morte y han criticado la actitud de las Administraciones por no respaldar sus objetivos, desde la SGHN, reconocida entidad sin ánimo de lucro que trabaja con criterios científicos en pro de la defensa de la naturaleza y el medio ambiente en Galicia se ha venido recordando que el recorrido pasa por zonas de máxima protección de la Red Natura 2000 en Galicia como la Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) Costa da Morte Norte, lugar que cuenta con la presencia de especies en peligro de extinción como la variante lusitanica del escribano palustre, una paseriforme de la que un censo reciente indica que solamente quedan unas veinte parejas en Galicia.

Ante el reiterado incumplimiento tolerado por la Administración del Decreto 37/2014, la SGHN solicitó a la Xunta en 2016, junto a otras entidades, la prohibición con carácter general las actividades recreativas multitudinarias en las Zonas 1 y 2 de los espacios naturales declarados como ZEC (Zona de Especial Conservación), que son el núcleo de las áreas de protección de la Red Natura evitando así el perjuicio «en el mismo corazón» de los espacios naturales «más valiosos, sensibles y emblemáticos» de Galicia.

Para la SGHN, «existen múltiples alternativas» para llevar a cabo actividades de carácter recreacional sin afectar a los espacios naturales «como se recoge desde la década de 1980» en las distintas normativas ambientales a nivel autonómico, estatal y europeo respetando la conservación de los de las áreas protegidas y de la biodiversidad asociada a las mismas.